Meski sekian lama menjadi bagian dari masa Pemerintahan Soeharto dan menganggap Soeharto adalah guru sekaligus bapaknya, gaya kepemimpinan Habibie jauh bertolak belakang dengan orang yang dihormatinya itu. Muladi, mantan Menteri Kehakiman di era Orde Baru, menuturkan, sidang kabinet yang dipimpin Soeharto selalu berlangsung dalam suasana mencekam. Para menteri takut angkat tangan mengajukan diri untuk bicara. Sementara itu, di zaman Habibie, para menteri justru berebut mengacungkan jari. Muladi menggambarkan, susana sidang kabinet seperti sebuah seminar: riuh, panas, kadang gebrak-gebrak meja seperti mau berkelahi.
Habibie sendiri yang merangsang suasana seperti itu karena dia memang senang berdebat. Semakin didebat, ia semakin bersemangat. Karena semua menteri boleh bicara dan perdebatan dibuka seluas-luasnya sebelum diambil keputusan, sidang kabinet bisa berlangsung sampai larut malam.
Habibie, menurut Tjipta dalam bukunya “Dari Soekarno sampai SBY: Intrik dan Lobi Politik Para Penguasa”, adalah seorang extrovert. Gaya komunikasinya penuh spontanitas, meletup-letup, cepat bereaksi, tanpa mau memikirkan risikonya. Tatkala Habibie dalam situasi penuh emosional, ia cenderung bertindak atau mengambil keputusan secara cepat. Seolah ia kehilangan kesabaran untuk menurunkan amarahnya. Bertindak cepat, rupanya salah satu solusi untuk menurunkan tensinya. Karakteristik ini diilustrasikan dengan kisah lepasnya Timor Timur dari Indonesia.